文件的收集始于额我略七世（1073-1085年）教宗任期内的手稿，历经了亚味农教会分裂时期而幸存下来，后来在17世纪最初几年，保禄五世教宗成立了档案馆，将这些文件存放其内。

（信存《梵蒂冈手稿》）

梵蒂冈图书馆手稿：参观者可以看到梵蒂冈图书馆保存的两份手稿：图文并茂的植物标本集（CodexChigif_VII158)和教宗亚历山大七世的Geco-LatinDioscorides(Vat.Chigi53

他给地方官送礼，设法取悦他们；他的住处遭到一伙歹徒的抢劫，他试图关紧自己的房门，并从窗口跳进花园去求援，扭伤了脚，大声呼救；他乘船时掉进河里；抄着葡语和汉语对照的词，还标注了汉语字词读音的《葡汉辞典》手稿

因此他勤学希伯来文，努力求索圣经密码，他花了一半人生，写了上百万字手稿，直到临终时还在孜孜求索。他虽然是举世闻名的大科学家，却自认为对宇宙的奥秘所知有限，几如沧海一粟。

去世前不久，甘修女应省会长的邀请写一份从会祖苦难玛利亚的手稿中汲取的感想，以此启发会省的修女们。这篇文字几乎成了甘修女的精神遗嘱。她这样写道：“苦难玛利亚今天召叫我们走爱的道路。

《葡华字典》手稿共189页，长23厘米，宽16.5厘米，其中手稿的第32~65页是葡萄牙语和汉语对照辞典。德礼贤称之为《教理对话》，此书概述了利玛窦来华期间与文人学士谈话的内容。该书明显地具有福传性。

她说：“在整理期间，我们大家从主教的手稿及其众多学生中慢慢发现好多歌出自杨主教之手。”

百余年过去，他的孙子美籍华人李士风，将其祖父李泉石的手稿翻译著书，公之于中国大陆，通过他的翻译，我们今日之人可看出，当时的山西巡抚毓贤采用多么残酷的刑法迫害传教士。

藏有200万册印本；7.5万卷二世纪以前拉丁文、希腊文、阿拉伯文、希伯来文、波斯文手稿；6.5万卷历史卷宗；十万件图片、版刻、地图和版画；米开朗基罗的作品草图和信件等等，在世界上极富盛名。