清顺治六年（1649年）清兵入闽，避难延平，四月病逝于福州，葬福州北门十字山。艾儒略传教策略与方法，有一重要特点，就是发挥中国教友和士大夫的作用。

这就是所谓崖山之后已无中国。而且，还有必要再加一句：明亡之后已无华夏。