四十九年五月二十八日圣座任命为田耕莘枢机之辅理主教，一九六六年六月十九日圣座任命为台南教区主教。同年七月二十四日就职，先任命首位副主教杨成斌神父，继而王守身神父协助台南教区事务。

他提醒他们，一如他当选后首次以教宗身分与所有枢机共祭弥撒以来，「教会的人」常常面对「灵性上的世俗主义」危机，即是「向俗世精神投降，引致自我实现的行为，而非寻求天主的光荣」，并度著「资产阶级的精神与生活，

午餐后，教宗同德国加辣加布遣女修会亚西西会院的修女们见面，他过去做枢机的时候曾多次在这个会院小住。接着教宗接见了神圣会院的方济各会士们和出席小兄弟会院修会大会的与会者们并交给他们一份讯息。

关于若望保禄二世宣福大典的盛况，本台记者德卡洛斯作了以下的报道：我们接纳我们的弟兄奥斯定•瓦利尼枢机，罗马教区代理主教、许多主教兄弟和许多信友的请求，在聆听了封圣部的意见后，以我们的权柄宣布并确立可敬的天主忠仆若望保禄二世教宗从今以后被称为真福

单国玺枢机曾对他如此评价：他虽然足不出户，但是在华人地区天主教礼仪生活方面，他的影响却是无远弗届。

但是可以有例外，像教宗庇护十一世于1937年用德语发表的通谕《在焦虑中》，此通谕由慕尼黑主教富尔哈柏笔录，并经梵蒂冈国务部长帕切里枢机主教修改，帕切里枢机就是后来的庇护十二世。

出席此次研讨会的有悉尼总主教贝尔枢机（CardinalGeorgePell）、荣休嘉西迪枢机主教（CardinalEdwardCassidy）及教内修会代表及平信徒团体代表等，盛况空前。

它被封存在一个铅盒中，上面有卡恰内米奇枢机（GerardoCaccianemici）的印章盖的三个戳印，他是未来的教宗路基约二世（PapaLucioII，1144-1145）。

我请教我认识的人，还有一些明智的枢机们。他们给我讲实话：继续吧，这很好。但是，请适时地提醒一声。”最后，记者罗达里问教宗，为何他在问候人们的时候，总是要邀请所有的人为他祈祷？

在于斌枢机的提倡下，1971年台湾天主教会率先开始祭祖礼仪，在教堂设立祖先牌位，在农历新年弥撒祭拜先祖，辅仁大学每年在清明节举行祭天敬祖典礼。这是台湾教会在华人教会内向本地化迈出了重要一步。