不料正赶上日本入侵朝鲜，海上贸易停止，明朝的锦衣卫四处抓日本特务，利玛窦因为是外国人，差点儿被抓。他好不容易抵达天津，又因当地官员眼馋他的贡品，将他以违反外国人旅行法为由关押。

隔着铁门能看见不少传教士的墓碑明朝时这里属于北京郊区，地名叫“滕公栅栏”，本来是一名获罪太监的私产。1610年5月，利玛窦58岁那年，他在北京溘然长逝。按明朝惯例，利玛窦棺木本应运到澳门安葬。

由于明朝实行闭关锁国的政策，凡境内发现外国人出现，轻则拘捕，重则处死。但这样并没有使传教士们畏缩不前，他们仍想尽办法，克服重重困难，不惜冒生命危险，决心将基督福音带给东方的中国人。

徐光启是明朝文渊阁大学士，人们又称他为“徐阁老”，他的坟地也称“阁老坟”。清光绪二十九年（1903年），江南天主教会在徐文定进教三百年之际，为纪念“保禄”阁老，重修其墓地。

徐家汇作为海派文化之源、西方科技与中国文化最早交融之处，因明朝科学家、天主教徒徐光启家族汇居于此而得名。

长江入海口区域于明朝年间开教，史载民国初年圣母显圣于江口左岸的狼山北麓一湖泊之上，降恩治愈乡人疾病，后在显圣之地，由证者黄府贤绅奉献还愿建立新堂一处，江南各地来通拜堂人群渐众，之后又多次显圣于敬礼人士，

明朝前期，刘子高的《诗集》与李九功的《慎思录》，均载开国皇帝朱元璋在江西庐陵（今江西省吉安市）地方出土一尊特大铁十字架，上铸有孙权赤乌年月。刘子高因此作“铁十字架”，以纪念奇迹。

明朝万历年间来到中国传教。其原名中文直译为玛提欧·利奇，利玛窦是他的中文名字，王应麟所撰《利子碑记》上说：万历庚辰有泰西儒士利玛窦，号西泰，友辈数人，航海九万里，观光中国。

在他与会友暂居南京期间，很多博学的官员纷纷前来拜访，其中包括明朝著名思想家李贽。李贽在写给朋友的一封信中对利玛窦评价道：“现在，他能够流利使用我们的语言、用我们的文字写作，行为举止也符合我们的标准。

明朝末年的学者徐光启第一个翻译了欧几里得的《几何原本》，欧几里得几何学是人类史上一大贡献，第一次把推演法变成规律化。徐光启翻译后了解到，推演法的一个精髓就是“欲前后更置之不可得”。