至三十八年庚戌四月（1610年5月11日）卒，御赐祭葬，墓在北京阜城门外二里沟滕公栅栏。上面小传虽然述及利玛窦神父的足迹行程、被受皇恩与清正廉洁，然而到中国来传扬基督的福音却是神父的唯一目的。

菲洛尼自2011年以来一直担任万民福音部长，现在成了耶路撒冷圣墓骑士团团长(现任团长、埃德温•弗雷德里克•奥布赖恩枢机已经到了80岁的退休年龄)。

第十四处耶稣被安葬在墓中主耶稣，当我看到那块巨石封住你的坟墓时，我深感孤独和被遗弃。即使在我的人生中，你有时显得很遥远，甚至缺席，但请帮助我，能始终相信你对我的亲近和爱的临在。

这位学者还提出了一个十分具有启发性且合乎逻辑的推测：“罪状牌”被放置在耶稣的墓地中。从封闭坟墓的石头等线索来看，坟墓很大，是墓室类型的。耶稣的身体被涂上了珍贵的香膏。

在圣方济各大殿前阳光充足的广场上主持完弥撒后，教宗在科利院长神父的陪伴下立即走到大殿下层的圣方济各墓前进行私人性质的祈祷。

在所有四部福音中，耶稣复活的宣报都与空墓的发现息息相关；他的肉体已不在了。同样，有关复活基督显现的记载也强调：他既不是鬼魂，也不是幽灵（例如，路24：39－43；若20：27；宗10：41）。

文字福传不如宣讲福传那样，可以给很多人去宣讲，引领很多人信主，这项工作注定是默默无闻的，因为短期内是看不到效果的，百年多来，为大家所熟知的也只有利玛窦神父和徐光启教友。

然后简单地安葬在修院地墓地里，没有棺木，只有一袭白布裹身，默默归于尘土。我们每隔一段时间，就去看一次弗兰西斯修士。有时也向他了解一些宗教知识。我们曾经以为，弗兰西斯终会在某一天，开始对我们作宗教劝说。

在他生病期间曾经精心照料过他的那些中国人，将他安葬在张庄教堂附近的山中墓地里。

2009年4月28日，教宗本笃十六世前往意大利刚刚遭受了强烈地震的灾区阿桂拉（Aquila）去慰问灾民，期间，在719年前去世的，八十五岁荣休的教宗赛勒斯丁五世墓前，将他的自接受教宗位时拥有的羊毛白色披肩放在教宗赛勒斯丁五世的圣骨盒上