教堂主体高46.8米，采用罗马式建筑风格，内部以10根7米高的罗马式圆柱支撑着穹顶，构成了宽敞明亮的圣堂：可容纳1200人在这里举行弥撒。教堂的大门用珍稀的千年格木，由越南工匠精工细雕而成。

弥撒结束时将举行圣体游行，把圣体送到大殿内部圣方济各小堂的圣体龛供奉朝拜。圣周五下午，教宗要在圣伯多禄大殿主持纪念耶稣受难的礼仪。礼仪之初，教宗先要跪在十字架前静默祈祷，祈求上主宽恕和作补赎。

回来的这些天里，此事一直在脑海里翻江倒海似地挥之不去，想来想去总也想不明白：一个省会城市的大堂（甚至可能是主教府座堂），平时也经常见诸于教会内部的报刊、杂志,说是传教工作开展的如何、如何，不想却是如此情况

记得当时他构思设计教堂时犯起难来，小菊姑娘看出他的困境，便拿一本圣经让他看，圣经给了他智慧和灵感，终于设计出具有东方民族风格，外型古朴伟岸，内部富丽堂皇的教堂。

教宗说：慈母与导师通谕提出的真理、爱、正义同战胜社会和文化失调的基本准则，即财富普遍分配的原则对今日全球化内部失调，仍是诠释和着手解决的支柱。

这座教堂内部用十多幅宗教画加以装饰，其中有反映圣母和基督题材的油画，还有耶稣遇难和圣母怀抱圣婴的两组浮雕，教堂顶上立有一个很大的十字架，老远的地方都能看见。

从教会内部来说，亚运会鼓励着中国教友进一步开放思想，使教会多和社会、国际接触。教友拿着介绍广州教会的小册子对教外朋友作分享，也有利于本地教会的福传。

耶稣圣婴医院内部的闭路电视直播了教宗访问的画面，但是没有公布所有细节。

首先是教堂从房顶的翻修到墙体修补，更换铝合金门窗，再到内部装潢，进行了全面维修。紧接着对十几间房屋进行翻修，又修了围墙100多米。堂院进行了部分硬化，新建花栏种上常青树。

教宗指出：在历史上有多少权势设法从外部和内部来消灭教会，但这些权势都被消灭，教会则生存下来并结出硕果，不可思议地屹立不摇。一切都过去，只有天主存留。