事实上，早在北伐期间，广州国民政府教育行政委员会就曾于1926年11月16日公布了有关教会学校注册登记的《私立学校规程》。

民政部门在为宗教团体办理登记时，并不是完全按照《社团管理登记条例》平等对待所有的宗教团体，而是将宗教团体分成两类，一类是政府承认的爱国宗教团体，如佛教协会、道教协会、伊斯兰教协会、天主教爱国会、基督教三自爱国运动委员会