其遗体安葬于跑马地天主教圣弥额尔坟场，后迁葬于阿基雷尔的方济会会院内。香港教区胡振中主教于84年向教廷申请开始雷神父的列品案，教廷于十年后宣布他为可敬品。

他在香港病逝后，遗体迁葬于家乡阿基雷尔的方济会会院内。这次运送到港的右臂及手指骨殖，分别安奉于圣母无原罪主教座堂、由方济会管理的圣文德堂，以及思高圣经学会会址。

直到1884年才由此地迁葬于三原通远坊天主教堂内。

这座新大堂于1263年4月8日落成、祝圣，并将圣人的遗骸迁葬于这新堂内。

直到1884年才由此地迁葬于三原通远坊天主教堂内。全体学员听了白神父的介绍，在场的B班学员都泣不成声，然后在方主教避难的窑洞里由宋神父和白神父一起奉献了弥撒圣祭。

至于上川岛，自圣尸迁葬后，墓穴遗址就成为我们中国最早的一块圣地。1700年在墓穴上建立的小圣堂，因时局多变，屡建屡毁。现在的“方济各沙勿略墓堂”是于1986年在原址按照原来格式规模重建的。

又说，其遗体数月后由上川岛迁葬马六甲时竟然丝毫未腐，连身上的祭服都完好如初。1622年，沙勿略被教廷封为圣徒。此前，为证明其遗体不腐的神迹，教廷命人将尸体的右臂割下，运往罗马检验。

1994年10月27日贺司铎骨骼迁葬于永年县前曹庄村邯郸教区公墓，成为了邯郸教区公墓埋葬的唯一外籍传教士。

遗体最初葬在白冷救主诞生圣地附近，后迁葬罗马圣母大堂内。在第四世纪的伟大教父中，只有圣热罗尼莫不是主教，他仅是一位司铎。他的纪念日在9月30日。

其遗体虽多次迁葬，但百年不腐，因其代祷众多奇迹，沙勿略因此被封圣，成为全球传教主保。新教宗取名号方济各，不能排除与方济各·沙勿略的关系。