随后三次被捕入狱，监禁劳改长达十九年。1979年12月26日平反释放。1980年1月到1987年3月在公义堂区作副本堂、本堂。1987年4月5日晋升为西安教区主教。

他因拒绝向希特勒宣誓效忠而入狱，被送上货运火车押往达豪集中营。在路途中因饥饿和虐待而死，年仅34岁。

1958年秋被打“右派”，劳改入狱，1982年平反昭雪，公开传教。1986年晋牧，培养圣召、复兴修会、积极牧传、建设医院等大力推进教区福传和社会服务。1999年获圣座批准荣休。

通常我们认为：只要不杀人放火，没有违反国家法律，没有入狱，我们是很难认为自己是有罪的。但教会却总是教导人们：我重罪人，得罪于天主……那教会对罪有怎样的定义呢？

那时候他的被捕入狱使整个家族成了受人歧视的另类。而且在当时生产队的农活分派、夏秋两季粮食分配及年终现金收益分配上，都受到了各种不公平的待遇，使本来就比较清苦的日子犹如雪上加霜难而又难。

一则是湖南一老人，为求生抢劫入狱的事；一则是北京下岗工人廖先生为救妻子私刻公章涉嫌诈骗的事。这两个新闻的主角估计会有相同的下场，不同的是一个刻意而为一个是被逼无奈。

王全守神父年轻时因信仰而入狱，巧的是和主教关在一起，因而学习了神学，出狱后被祝圣为司铎。他没有辜负天主对他的爱，尽心竭力地把自己的一生献给了天主，献给了教会。

之后，他被调往河南劳改第四大队，并于1979年再次入狱。经过了共27年的囚禁生活后，1982年终于获得释放。1982年佘山修院获准重新开放。

那时候，他的被捕入狱不仅使整个家族蒙受奇耻大辱，成了受人歧视的另类，而且在当时生产队的农活分派、夏秋两季粮食分配及年终现金收益分配上，都受到了各种不公平的待遇，使本来就比较清苦的日子雪上加霜。

实际上，若翰在入狱後开始了怀疑，因为耶稣这位救世主和他想像中的不一样，即使他曾给耶稣授洗。若翰於是派自己的两个门徒去问耶稣，到底祂是不是默西亚。