他在这里的外交和牧灵经验在他身为牧者的心中留下了深刻的印记，他推动大公对话，这在梵二大公会议中取得了重大进展。

1981年11月20日被任命为哈瓦那总主教，在任职34年中，他做了大量的牧灵魂工作，特别関注平信徒和青年的工作，为他们建立活动与培训中心。

2013年4月17日，贝尔格里奥刚展开教宗牧职没多久，便在圣玛尔大之家的清晨弥撒讲道中提及日本教会的见证：即使是在16至17世纪的教难时期，日本天主教徒依然活跃。

十七世纪开始，由于一些教友的努力，基督信仰首先进入了高丽，建立了坚强而虔诚的团体；这团体没有牧者，几乎只是由教友领导与扶持的，直到1836年时，才有首批法国传教士秘密进入。

教宗特别指出枢机在洛杉矶、波特兰和旧金山多年的牧职工作，并强调他在“要理、教育和行政方面作出的卓越贡献，以及他为圣座所作的杰出贡献”。

因此，与会者提出，教会必须「走出去」，从保守的牧灵形式，改为富有创意的牧灵方法：事实上，有些架构已经过时，需要加以更新，并受到生态意识的启发。

教宗11月27日主持公开接见（梵蒂冈新闻网）教宗方济各在11月27日的周三的公开接见活动中，向聚集在梵蒂冈圣伯多禄广场的信友和访客回顾了刚在泰国和日本完成的牧灵访问。

在本次的会议上，大会选出巴西圣保罗的荣休总主教胡默斯（ClaudioHummes）枢机为亚马逊教会联会主席，秘鲁马尔多纳多港的宗座代牧阿吉雷（DavidMartínezdeAguirreGuinea）为副主席

另外，为了加深教区神父、修士、修女们对奉献生活的认识和了解，陈功鳌主教于8月25日召集教区神父学习了教廷圣职部发布的《基督降生第三个千年的司铎》和万民福音部发布的《教区司铎牧灵手册》的相关内容。

担任主教后，他也出版了关于牧灵和司铎灵修方面的书籍。