其遗体虽多次迁葬，但百年不腐，因其代祷众多奇迹，沙勿略因此被封圣，成为全球传教主保。新教宗取名号方济各，不能排除与方济各·沙勿略的关系。

遗体最初葬在白冷救主诞生圣地附近，后迁葬罗马圣母大堂内。在第四世纪的伟大教父中，只有圣热罗尼莫不是主教，他仅是一位司铎。他的纪念日在9月30日。

按教会传统，圣人的纪念是庆死不庆生，因为死亡是逾越到天上生活的生日（拉丁文称为Natalis），故此，一般是选用圣人去世、殉道，或遗骸迁葬的日子，作为纪念日。

按教会传统，圣人的纪念是「庆死」不「庆生」，因为「死亡」是逾越到天上生活的「生日」（拉丁文称为Natalis），故此，一般是选用圣人去世、殉道，或遗骸迁葬的日子，作为「纪念日」。