英贺福主教在给瑞士白冷外方传教会报告写到：马将军在准备与日本军队作战，教堂院内所有房子里都被政府的文件箱子占满了，教会办公室和学校挤满了携带着财物避难的绅士及官员家属们。

清顺治六年（1649年）清兵入闽，避难延平，四月病逝于福州，葬福州北门十字山。艾儒略传教策略与方法，有一重要特点，就是发挥中国教友和士大夫的作用。