2002年被调任至主教公署工作，协助管理教区。2009年3月2日当选为海门教区主教。

穆神父对于修院培育工作有着深刻的洞见，他表示：“修院的最大成功，不在于培养多少知识渊博的才子，而是在于拥有多少个心怀基督，心系教会，关爱世界的好神父。”

目前，神父人手少，工作繁忙，因此各位教友要发挥各自的作用，积极参与，齐抓共管，不让一只小羊流失。下力气发展新教友，是我们的目标，巩固已领洗的教友，是我们的责任。只要双管齐下，教会何愁不兴旺！

黄友棣曾自述:“数十年来我的工作目标只是要使『中国音乐中国化』。”单枢机在弥撒中表示，他早年在罗马念书时就认识黄友棣，知道他歌唱得好。

该堂区各项事业井然有序，让人耳目一新，特别是堂区的福传工作，成绩斐然，确实值得学习。

他邀请觐见他的经济金融专家学者研究出一套现代化的经济理论，使所谓的市场、企业、经济进步这些相关的名词都与社会公益、工作伦理、尊重人性这些名词建立密切的关系。

在司铎年中，教会提倡祈祷，反省自我，建立身、心、灵的合一，并在实际的牧灵工作、信仰生活中勇于面对挑战和责任，突破固有模式，活出真我，在度奉献生活的道路上，生活圣洁，行为正直，虔诚事主，终身不渝。

自从我离开渔船上学，二、三十年来，与母亲朝夕相处的时间不多，特别是后来到了城里上学、工作，似与母亲被分割在两个不同的世界。

并强调，首届全国传教大会还将是“认真审视各级传教工作的契机”。

灾害发生后，中国天主教神长教友积极行动了起来，联合社会各界和海外神长教友以及合作伙伴在一些地区展开了赈灾自救工作，同时也为受灾最严重的台湾灾区给与了爱心捐献。