这在1616年南京礼部侍郎沈漼所发难的南京教案中可以得知，沈漼在呈给万历帝的第一道奏疏中说：“臣初至南京，闻其聚有徒众，营有宝庐，即欲擒治驱逐，而说者感谓其类实繁，其说浸淫人心，即士君子亦有信向之者。”

[2]还有南京教案时的主角沈榷向皇帝三上二《参远夷疏》。这些都说明当时的思想界并不平静，儒学界对天主教的传入并非没有反映。在这个过程中代表儒学思想闹得最大的当然是杨光先这位反对天主教的重要人物。

96刻制虽然兼顾到了中国传统，但也仍然遭到了非议，最典型的例子就是清康熙初年杨光先引发的排教案中，这一条被作为给传教士定罪的依据之一。

正是依靠与清政府之间签订的不平等条约，法国声明不仅对在华外国传教士提供全权外交保护，并对涉及教务纠纷和教案的中国信徒同样有权施行保护。