总督下令摧毁教堂并囚禁了殷铎泽。对第一个判决，建昌的“法官”立即予以执行，但对后者却进行了推延。1665年9月上旬一个全面的反教事件爆发了。康熙皇帝因受反对传教士人士的煽动，下令将其拘捕。

没过多久南宋都城杭州陷于蒙古兵之手，自己被俘虏押到了杭州，囚禁在太学院子的边上。他又得了重病，临死前有位老朋友来看他，他苦笑着说：“朝代更迭，是冥中规定的。我们不知道宋将灭亡，但上天却是知道得很清楚。

1943年6月，马君图被俘，日寇将他带回晋城，许官、劝降、威逼，手段用尽，马君图在敌营里度过了漫长的两年囚禁岁月。