没过多久南宋都城杭州陷于蒙古兵之手，自己被俘虏押到了杭州，囚禁在太学院子的边上。他又得了重病，临死前有位老朋友来看他，他苦笑着说：“朝代更迭，是冥中规定的。我们不知道宋将灭亡，但上天却是知道得很清楚。

1943年6月，马君图被俘，日寇将他带回晋城，许官、劝降、威逼，手段用尽，马君图在敌营里度过了漫长的两年囚禁岁月。