教会的日常事务在这段时期由先教宗若望保禄二世于1996年2月22日颁布的上主的全体羊群宪章作了一系列规定。　　

上主的全体羊群宪章是由教宗若望保禄二世颁布的，做了很多详细规定，并在他逝世后引导了选举教宗的会议。而本笃十六世的最后一道手谕从某种意义上讲，通过修改某些法律条文完善了上主的全体羊群宪章。

一九八一年，教宗若望保禄二世不理会总会长伯多禄．阿鲁佩（PedroArrupe）神父，委任了宗座视察员进行调查，并在有需要时纠正被指的越界行为。　

教宗方济各援引保禄六世的«民族发展»通谕和若望保禄二世的«关心社会事务»通谕，强调不仅人与人，各国也必须本着友爱精神彼此相遇。

这圣髑是否为伯多禄的遗骨这件事，可以追溯到1939年，当时教宗比约十二世下令对被认为有伯多禄遗骨的圣伯多禄大教堂的下方区域进行挖掘。

教会的规矩很清楚，只要阅读先教宗若望保禄二世所颁布的《因圣体圣事而生活的教会》通谕，便可一目了然。

我们也记得若望保禄二世教宗在新千年的开始文告中也提到了这一点。令我们大家都应当感到光荣的第一个和基本的圣召是圣洗圣事的圣召，是同耶稣一样成为天主的子女的圣召。”

教宗若望保禄二世曾召开过枢机院六次特别会议，讨论教会面对的主要问题，但是它们通常持续一天以上。这些会议都是他管治教会的重要工具。　　

当我已经很少会再奇怪、见怪不怪的时候，教会却给了我一个最美妙的回答，教宗若望保禄二世颁布了“光明五端”。刚一闻讯，我心顿时欢跃，这正是我寻求多年的答案。

祈祷之后，教宗谈到他的瑞士卫队说：“五百年前的今天，一五零六年一月二十二日，儒略二世教宗接受并降福第一批瑞士卫队，他们来到罗马为保卫教宗和宗座大楼。