2006年黄爱恩完成博士学位，把中国音乐、非洲音乐、爪哇音乐这些非西方音乐融汇贯通，回港任教。2008年，黄爱恩获邀为香港举办的残奥会马术比赛开幕礼演出，弹奏古典爵士乐，并为歌手陈慧琳伴奏奥运主题曲。