二OOO年，他做为意大利罗马教区“信德与恩宠”成员起程前往土耳其，在黑海畔的特拉伯松堂区安置下来。二OO三年，他创立了“中东之窗协会”，专门从事研究、祈祷和对话活动，从而促进西方与中东之间的交流。

阿尤索主教教宗方济各任命66岁的西班牙人金邦尼会士阿尤索（MiguelAngelAyusoGuixot）主教为圣座宗教交谈委员会新主席，以接替去年去世的托朗（Jean-LouisTauran）枢机。

诵念三钟经後，教宗提醒信众6月4日是基督圣体圣血节，当天傍晚他将在罗马圣若望拉特朗广场主持弥撒圣祭，弥撒後有圣体游行。教宗邀请大家踊跃参加，向圣体中的耶稣公开表达自己信德和望德。

由廖内洛•德菲利切于1960年执导的影片「君士坦丁大帝」，将从四月18日下午在主教会议大厅播映，为会议开启序幕之后，继续在德国公学，以及隔天在宗座拉特朗大学播映，并于四月21日回到梵蒂冈。

当教廷与意大利于二九年签订《拉特朗条约》后，教宗在梵蒂冈城内与世隔绝的状态结束，当时引入梵蒂冈汽车牌照。今天，教宗的汽车挂着白色牌照，上面写着红字「SCV1」。「SCV」代表「梵蒂冈城国」。　　

6月6日傍晚，教宗本笃十六世在罗马主教座堂圣若望拉特朗大殿，主持了罗马教区家庭与基督信徒团体大会揭幕礼，并发表关于婚姻家庭的长篇重要讲话。

教宗提到西斯笃三世教宗为古老的拉特朗圣洗堂撰写的拉丁文铭文，意思是：母亲教会以贞洁之身，藉由水，诞生那天主气息所孕育的子女。你们从这泉水中重生的人，渴望天国吧。

梵蒂冈城邦去年的开支亦用于保护及维修圣座艺术产业，圣伯多禄广场的柱廊、圣若望拉特朗大殿、圣保禄大殿和圣母大殿这四个教宗的大殿都进行了大型维修工程。此外，梵蒂冈城邦耗资维修安全设施和梵蒂冈宗徒图书馆。

为庆祝国际天文年及伽利略发明望远镜四百年，十一月三十日罗马宗座拉特朗大学举办「由伽利略的望远镜到天文学的演变，科学、哲学与神学间的对话」研讨会，教宗本笃十六世在贺电上说:「谁跟随伽利略的教导，不能只停留在望远镜所观察到的东西

与七间罗马圣殿（圣若望拉特朗、圣母雪地、圣保禄城外、圣佬楞佐城外、在耶路撒冷的圣十字、圣塞瓦斯蒂安等大殿）朝圣方式不同之处，就是罗马的专门为朝拜圣体，而菲国的集中基督难的默想。