1998年6月24日，他成为宗座正义与和平委员会主席，2001年若望保禄二世擢升他为枢机主教。2002年9月16日去世。2007年9月16日，也就是他死后整整5年时间，被荣列为真福品。

声明呼吁立法者记取教宗若望保禄二世的说话，他曾在马尼拉表示，甚至在特殊的情况，「任何侵犯人类基本尊严、或违反保障这种尊严的基本权利，都不能够把它视为合理的」。　　

一九八五年十月六日，耶稣会士列真福品、佩德罗于二OOO年三月五日被真福教宗若望•保禄二世列为真福，先教宗盛赞这名十七岁菲律宾青年英勇无畏的信德与传教榜样。

韦尔比总主教还请求在晋见教宗方济各前，先在若望保禄二世教宗陵墓前祈祷，并在圣座促进基督信徒合一委员会办公室拜会主席科赫枢机。

若望保禄二世教宗于1990年第二次在该国进行牧灵访问时，表达了他对圣母朝圣地的期盼，于是教堂在1991年正式开始兴建工程。布基纳法索─尼日利亚主教团于1998年宣布亚格马为「全国朝圣中心」。

教宗方济各步武前任教宗们的芳踪，访问耶稣圣婴儿童医院，延续了从若望二十三世教宗于1958年圣诞节开创的珍贵传统。

报导表示，天主教会解读路济亚所看到的三项显现内容（预言)，其中一项是预言教宗若望保禄二世遇刺。

君士坦丁堡东正教宗主教巴尔多禄茂一世于2004年11月27日前往梵蒂冈，接受圣若望·克利索斯托默和圣纳济安泽诺两位圣人的圣髑；一个莫斯科东正教的代表团也前往梵蒂冈接受圣父所赠送的咯山圣母圣像；不久前，一个来自芬兰的大公代表团觐见了圣父

教宗在信中写到：“为此，我要象若望·保禄二世那样鼓励‘令人惊喜的新意’，‘家庭福音’，它对教会和社会都具有中心性的价值。”

此外，该委员会也藉由这研讨会庆祝若望保禄二世教宗《致妇女信函》颁布20周年。他曾在这封信函中，代表教会向职业妇女表达热切的感谢和赞赏之情，写道：「职业妇女，谢谢你！