本届印尼全体主教大会关注的另一个主题是印尼巴布亚地区人民反抗雅加达政府的冲突，印尼巴布亚是基督信徒占多数的地方，最近当地紧张局势加剧，是因为印尼军队阻碍了巴布亚人民第三次代表大会的进行，并逮捕了三百多名民间领袖

而常年饱受战乱席卷的刚果（金），弱势的孩子们始终是各种冲突的首要受害者。马努神父介绍说，仅过去一年里，就有五百万名儿童死于战乱之中。

这显示今天许多存在暴力冲突的地区极度地危险，为红十字会也一样。

军备贸易助长了战争；导致了人类发展的严重落后、不稳定和冲突、传播了暴力和犯罪的风气。同时，解除军备还将有助于避免战争、死亡和种族屠杀。

叙利亚人每天为了生存而搏斗，阻碍了他们看清冲突状况的走向，以色列空袭的后果和地区暴力升级的危险。奥多主教说：我们时常没有电，没有水，很难看到电视节目，很难找到时间了解情况。

天主教会多次严正谴责了反基督徒的煽动宗教冲突宣传，以及针对基督徒的威胁恐吓。

做我们世界的先知、建造友爱团体、谴责「贩卖初学修生」的行为、谴责伪善与基要主义的态度、赞扬本笃十六世教宗处理滥用职权案件时的英勇决策、神恩的重要性、极为迫切的挑战、会士与主教的关系、慈爱的必要性，懂得如何「抚慰冲突

父亲性情木讷，却脾气暴躁，但从未见他们有大冲突，即使爸爸曾将多年积蓄用作股票投资而全军尽没，母亲虽然心痛却没有埋怨。尽管如此，母亲常称赞父亲顾家，这也许已吻合了她的期望。

他热切渴望在非洲的首次访问能前往因冲突而面临特殊困难的国家，多年来饱受折磨的国家；而中非就是教宗首先想到的国家。」

他热切关心的这个主题具有迫切的现实意义，因为当今世界很不幸地存在诸多冲突，甚至假借天主的名义而施行暴力。教宗在视频讯息中说道：「这星球大部分居民宣称他们是有信仰的人，这导致需要宗教间的交谈。」