1643年，为躲避张献忠带来的战乱，与安文思避居绵阳，后在吴继善的推荐下为张献忠服务。张献忠败亡后，两人向清朝军队统帅肃亲王豪格投降，被带往北京，获释后建立了北京东堂。

后因战乱和仕途失意，弃官归隐，开始了闲云野鹤的道士生活，但他却是一个很有学问的道人。他在做道士之便，遍访天下的名山古观，并将那些流传于民间的神话故事及传说收录成册。

从此，改教时期因着信奉罗马公教和追随路德改教而引起的血腥冲突和战乱局面终于结束。但是，非路德传统的信义宗之外的其他新教教派，特别是加尔文传统的归正宗依然未被获得合法性。